土壤和植被的修復是礦山生態恢復的關鍵點。根據礦山的具體情況，土壤的修復可以采用的修復方式包括物理方式，化學方式以及生物方式。物理修復的方法有客土法，換土，去表土等。以上方法的就是通過不同的方式去獲得適合植物生長的土壤環境，土壤的來源應盡量選擇礦山周邊地區，避免引起生物入侵等后果。土壤覆蓋深度的研究表明，10～15cm的土壤深度對植被的恢復具有良好的效果。

       化學方式修復土壤多應用于由灰燼、砂質和巖土組成的礦山廢棄堆場。一般是將復雜的化學改良劑加入到土壤中，提供營養元素的同時形成保護土壤表層和植物根系的保護膜，還能起到涵養水分的作用。

生物修復也是在礦山生態恢復常見的技術之一，如植被修復、土壤動物和微生物修復。利用植被原位處理污染土壤的方法稱之為植物修復。選擇作為礦山生態修復植被，不僅要優先選擇當地優良、先鋒樹種和固氮樹種，同時還要具備生長較快、適應性較強、抗逆性好、經濟價值高等特點。

       在生態系統中，土壤動物和土壤微生物往往處于消費者和分解者的位置，在生態系統功能的維持方面有著重要作用。因此，在礦山生態恢復過程中加入有益的土壤動物或微生物可以加快礦山土壤的修復進程。土壤中的有害有毒物的濃度會因為微生物的代謝活動而減少，與此同時，其接種優勢可增加土壤活性、加速改善以及縮短修復周期。而土壤動物的修復既可以改良土壤理化性質，其排泄物可以促進植物的生長發育。此外，土壤動物還有富集土壤重金屬污染物的能力。然而，動物修復應當在植物修復效果達到一定成效后施用才能達到顯著的成果。